2. После того, как распакуешь образ на флеху, зайди в каталог boot и запусти скрипт bootinst.bat (под виндой) или bootinst.sh (под линухой).
В принципе пофигу какая ФС будет на флехе, так как большинство ФС поддерживаемых GNU/Linux уже вкомпилированы в это самое ядро. но так как по дефолту флехи поставляются преформатированными под FAT32, то принята юзать эту FS к тому же ещё лет пять-шесть назад GNU/Linux не умела нормально работать с NTFS (равно как и W98) и единственной ФС нормально поддержанной как в GNU/Linux так и в Windows была именно FAT32. Типа традиция.
Загрузчикам типа syslinux или grub тоже пофиг на ФС, так как они поддерживают загрузку всех ФС на которых могут работать операционные системы GNU. Могут даже передать управление другому загрузчику типа ntldr или yaboot.
Материнкам тоже [вырезано цензурой] какая ФС будет на флешке, так как их биосы общаются только с mbr. Вернее биос просто передает управление программе расположенной в mbr.
3. Проблема может быть только в одном месте, - когда флешка "неправильно" сконфигурена. флехи могут быть сконфигурены как ZIP-накопители или USB-HDD. Большинство Live-систем подразумевают что флешка уже сконфигурена как USB-HDD, потому что в большинстве случаев так оно и есть. Если это не так, то берется
родная утилита, которая поставляется на отдельном CD-диске, идущим в комплекте с флехой.